Agents infecciosos implicats en brots de diarrea neonatal porcina en granges de catalunya

Resumo

La diarrea neonatal porcina constitueix una de les problemàtiques, tant a nivell sanitari com a nivell econòmic, més freqüents a les granges de porcs d’arreu del món. Malgrat que els brots de diarrea neonatal porcina poden estar ocasionats per múltiples factors, la causa més habitual és la presència de patògens entèrics. Existeixen molts agents infecciosos capaços de provocar diarrea en garrins nounats i el diagnòstic definitiu és sovint complex degut a la presència de diversos microorganismes en una mateixa mostra. Per aquesta raó, l’objectiu principal de la present tesi va ser analitzar quins agents infecciosos estaven involucrats de forma més habitual en els brots de diarrea neonatal porcina en granges de Catalunya produïts entre 2017 i 2018. L’objectiu del primer estudi va ser el càlcul de la prevalença de diversos agents infecciosos a partir de mostres provinents de granges que patien un brot de diarrea neonatal. Cadascuna de les mostres obtingudes va ser testada per detectar la presència de Rotavirus A, Rotavirus B, Rotavirus C, Virus de la diarrea epidèmica porcina, Virus de la gastroenteritis transmissible, Escherichia coli, Clostridium perfringens i Clostridium difficile. Rotavirus A va resultar ser l’únic patogen que es va poder correlacionar estadísticament amb l’aparició de diarrea. L’objectiu del segon estudi era caracteritzar diverses de les soques de Rotavirus A obtingudes de mostres del primer estudi, a través d’anàlisis genotípics i filogenètics. Els resultats del genotipat van indicar que les 24 soques compartien un nucli comú, ja que 9 de les 11 proteïnes analitzades pertanyien al mateix genotip. Per contra, les proteïnes més externes del rotavirus, VP4 i VP7, presentaven una gran diversitat. Els anàlisis filogenètics van indicar que totes les mostres analitzades en aquest estudi pertanyien a una única branca evolutiva. El tercer treball es va basar en l’estudi de resistències antimicrobianes de les soques d’Escherichia coli obtingudes de mostres de femta de garrins amb diarrea o sense del primer estudi. Els resultats obtinguts en l’antibiograma qualitatiu van mostrar uns nivells de resistència a la majoria de famílies d’antibiòtics molt elevats. Pel que fa a la presència de gens de resistència, l’únic gen de BLEE detectat va ser blaCTX-M. Paral•lelament, es van detectar 4 soques que contenien el gen de resistència a la colistina mcr-1. Com a conclusió, els resultats de la present tesi mostren que, en l’actualitat, Rotavirus A és especialment rellevant en els brots de diarrea neonatal, tot i que no és possible descartar la contribució cap de les altres causes, infeccioses i no-infeccioses, sense un bon diagnòstic. També destaquen que E. coli és un bon indicador de l’estat de les resistències antimicrobianes presents en la microbiota dels porcs. Els resultats mostren alts valors de resistència als antimicrobians més habituals en la producció porcina, així com la presència de gens de resistència a beta-lactàmics i a la colistina, transmissibles a través de plasmidis entre poblacions bacterianes.