Identificación de marcadores moleculares en dos especies de pectínidos y su aplicación al análisis de la variación genética

Abstract

La volandeira Aequipecten opercularis y la zamburiña Mimachlamys varia son especies de la familia Pectinidae de la clase Bivalvia que se encuentran en la parte este del Atlántico Norte, distribuyéndose desde Noruega al noroeste de África y también en el Mediterráneo. Aunque son especies de interés comercial, los estudios de genética de poblaciones, necesarios para asesorar una gestión racional, son escasos. Además, analizan la variación de marcadores alozímicos, a menudo poco polimórficos, y de genes de ADN mitocondrial, que por su transmisión uniparental sólo revelan la variación en el linaje materno. El objetivo general de este trabajo consistió en identificar marcadores basados en el ADN nuclear y aportar estimas de variabilidad genética y diferenciación poblacional en las dos especies, examinándose cinco localidades de España e Irlanda del Norte en A. opercularis y dos localidades españolas en M. varia. Se identificaron marcadores mediante (1) el uso de cebadores para intrones de genes conservados (calmodulina, arginina quinasa, ß-tubulina y lisozima); (2) la construcción de genotecas enriquecidas en los motivos microsatélite TTC en A. opercularis, y GT en M. varia; y (3) la identificación de polimorfismos de un único nucleótido (SNPs) por secuenciación en múltiples individuos de regiones genómicas caracterizadas en este estudio. Para dos loci de A. opercularis y cuatro de M. varia se detectaron variantes de tamaño o polimorfismos de longitud de los sitios de restricción, distinguiéndose en cada caso dos o tres alelos. La construcción de las genotecas enriquecidas permitió identificar para cada especie cinco loci microsatélite polimórficos, con nueve a 86 alelos en A. opercularis y cuatro a 16 alelos en M. varia. En la zamburiña se analizó el patrón de transmisión de los alelos de tres loci microsatélite, ajustándose las proporciones genotípicas observadas a las proporciones mendelianas esperadas en la mayoría de los casos. Las desviaciones observadas podrían explicarse por un error de genotipado debido a exclusión alélica más que por selección cerca del microsatélite. La secuenciación directa de productos de PCR generados por cebadores diseñados para intrones de genes conservados reveló la existencia de un SNP cada ~100 pb en las dos especies. El genotipado de cuatro SNPs en A. opercularis y dos en M. varia mostró dos alelos en todos los loci, excepto uno de M. varia que resultó monomórfico. Tanto las localidades de A. opercularis como las de M. varia mostraron niveles similares de variabilidad genética y la variabilidad detectada en las dos especies también resultó similar y semejante a la de otras especies de pectínidos. En A. opercularis los microsatélite revelaron la existencia de diferenciación genética entre las localidades de Irlanda del Norte, noroeste y sur de España, corroborando los SNPs la diferenciación entre las localidades de Irlanda del Norte y España. El aislamiento por distancia podría explicar la diferenciación observada. En M. varia los microsatélites también mostraron diferenciación genética entre las dos localidades examinadas.